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この判例は読みにくいですよねぇ。私は次のように整理して考えてみました。
少しはお役に立てるでしょうか。

肢３を整理すると、論点は２つ。
①国民全体の奉仕者である公務員の争議行為を禁止すること自体は
　憲法に違反しない。
②争議行為をあおる行為の処罰が憲法上許されるのは、
　違法性が強い争議行為に対し、
　争議行為に通常随伴しない態様で行われる場合に限られる。
　（違法性の強弱で区別して、強いものだけを処罰するべき）

引用されている判例の一節を、乱暴ですがばらばらにして言葉を補いつつ言いかえると、次のようになると思います。
③公務員の争議行為等禁止の措置は違憲ではない。
④争議行為をあおる等の行為に高度の反社会性があるとして罰則を
　設けることの合理性は肯認できる。
⑤次のいずれも、是認できない。
⑤－１公務員の行なう争議行為のうち、同法によって違法とされるものと
　　　そうでないものとの区別を認めること
⑤－２違法とされる争議行為にも違法性の強いものと弱いものとの区別を
　　　立てること
⑤－３あおり行為等の罪として刑事制裁を科されるのはそのうち違法性の
　　　強い争議行為に対するものに限ること
⑤－４あおり行為等につき、争議行為の企画、共謀、説得、慫慂、指令等を
　　　争議行為にいわゆる通常随伴するものとして、
　　　国公法上不処罰とされる争議行為自体と同一視し、
　　　かかるあおり等の行為自体の違法性の強弱または社会的許容性の
　　　有無を論ずること


①については、判例の立場どおりです。
②については、判例の立場は、違法性の強弱の区別をして考えることはしない（すべきでない）ということですから、判例に照らすと誤りということになります。
よって、この肢は誤りと考えます。
（もちろん、違う説明のしかたもあると思います。）

おかしいところがあれば、どなたかご指摘くださいね。 また、こんなふうに判例の勉強をすればいいですよっていうアイディアがあれば、ぜひぜひお願いします。
長くなってごめんなさい。