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こんにちは。
前提として、これは条文を一般的に適用した「ふつうの場合」のことではなくて、特定の常用による「判例」だと割り切って考えるべきだ、と思います。「受取人でなく第三者に交付されたら、受取人は返さなくていい」というわけではないってことです。「お前がAから金を借りて、俺の彼女Dに渡してもらってくれや！」と脅迫され、お金はBの目の前を素通りして、実質的にはAからDに渡されているので、Bが金を返すのはおかしい、という流れです。
だから、別な状況で、「Bが借りたお金が、Bの彼女Dに渡された」とか「Dに渡されたお金は、もともとBがDから借りてたお金の返済に充てた」など、実質的にBの儲けになるようなら、きっと判決も変わるだろう、と思います。

今回の判例の場合では、CとDがグル（関連会社らしい）だったから「Bの利益が無い」となり、「Aが金を返してもらうとするなら、実益はないのに書類上の借主だったBからではなく、実際に金を受け取ったDから返してもらいなさいよ」ということになるでしょうから、おっしゃる通り、借主が第三者に請求、となるでしょうね。

ただ、こういう疑問は、試験勉強では諸刃の剣です。
なぜなら、現実社会では誰かがワリを食うようにできているからです。詐欺事件などが起これば、被害者がかわいそうという気持ちになりますが、実際には泣き寝入りになることも多いです（法律上返還請求できても、犯人から取り立てられないことも多い）。事故や契約トラブルでも救いがない結末になることもあり、「損害賠償１億円」なんてニュースが出ても支払われないことも多いですし（請求できることと実際に支払われるかどうかは別、というのはもう理解してると思いますが）。

もちろん、こうした疑問で理解が深まることも多いのでダメとはいいませんが、すべてを理解しようとすると前に進まないこともありますよ。遠回りをして理解が深まったならいいですが、寄り道をして時間だけが減ることもあります。
現実的なトラブルは、合格後に実務でいくらでも会えますから、まずは「基本」となる法律的な回答をシンプルに覚える方が、少なくとも効率的だと思います。