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一言で言えば、矛盾ではなくて「例外」です。
76条からイメージする「裁判（所）」のほか、64条の弾劾裁判所と55条に議員資格に関する争訟の裁判がありますが、これらは同じ「憲法」に定められているので両立しているといえるからです（76条が64条よりエラい、ということではなく、両方に効力がある、と考えればいいでしょうか…）。

…というのが模範解答になります。
ただ、実際には76条に「この憲法に定めるもののほか」などの文言がなかったり、ほかにも矛盾と取れる条文はいろいろあります。「解釈」という名目で誤魔化されているようなものですが、そこに文句を言っても仕方ないので、六法やテキストで「通説」を覚えるようにしましょう。
法学者や学生が議論するなら有意義ですが、試験対策としては丸暗記が正解だと思います。