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こんにちは。
うーん、これって「どうしてこういう法律ができたんでしょうか？」っていう感じの質問になるんですが、それをきちんと書いていったらかなり長くなりますし、そもそも公開されていない部分は「法学者の想像」になっちゃいますから、正解というか間違いない回答ってできないんですよ。

まず、「仮の」義務付け「仮の」差し止めだけじゃなくて、ノーマルの「義務付け」「差し止め」にも第三者効はありません（だから、失礼ですがdoneさんのいう償うことのできない損害とか緊急は関係ないです）。
あくまで私見ですが、義務付け・差し止めなどに「第三者効がない」というよりも、「行政事件に関しては、一部にだけ、対世効（第三者効）がある」というふうに考えた方がいいと思います。そもそも、もしも民事裁判（AさんとBさんの対決）なら、AさんとBさんに勝ち負けが付くだけで、他の方に影響しないはずです。行政事件訴訟だって「国とAさん」の中だけの問題（で、その勝ち負け）というが原則です。
だから、第三者効がないのが「ふつう」なんです。

じゃあ、どうして「第三者効（対世効）」を認める場合があるのか。
たとえば、第三者効のある「執行停止の決定」を考えてみましょうか。ある工事をすると、自宅が地盤沈下する場所に住んでる人が「あの建築確認に基づく工事の中止」を求めたところ、それが認められた場合、A社が工事をやめて、代わりにB社が工事を引き受けたらどうでしょう。「やめろって言われたのはA社で、ウチ（B社）が工事するなって言われてないし」というのがＯＫなら、執行停止の決定なんて意味がなくなってしまいます。工事に限らず「ほかの人ならＯＫ」じゃどうしようもないので、「やめろ、という決定が出たら、今回の当事者だけじゃなくて、ほかの人もやっちゃダメ！」ということにするわけです。ほかの人もダメ！ってのが第三者効ですね。

だいぶ長くなってしまったので、「第三者効」「対世効」「公定力」などの単語を、もう一度テキストで探してその前後をよく読み、それを踏まえて第三者効を準用する場合としない場合を比べてみると、しかたなく「裁判に参加してない人」にも効力を生じなければいけない事情がわかってくるかな？と思いますよ。
お役所だから、影響が大きいって思えばいいのかな。民事訴訟なら当事者同士だけで終わる話が、お役所の許可などに関わると、「世間一般に通用する話」にしないとマズい、ってことでしょうか。

ちなみに、決定は公のものですから、善意悪意は問題にならないはずです。知らないって言っても通じませんから（言い方が悪いけど、無知なだけですよねそれって）。もし、善意ならＯＫということになれば、できるだけ行政事件の判決や決定を知らない方が有利になって、ちゃんと調べない（だから善意）業者だけ工事を請け負えるようになってズルいですから。

最後に「第三者」っていう言葉は一緒でも、民法と行政法では意味合いがだいぶ違います。また、「善意・悪意」っていうのは基本的に民法で使う言葉だと思ってください。お役所に関する行政法で善意（知らなった）ってのは変ですもんね。取り急ぎ（長いけどｗ）

ご回答ありがとうございます。
確かに、訴求効がなければ善意悪意の第三者効を考える必要がないかもしれませんね。
又、第三者効は条文にあえて記載されているケースがあると言うことは、原則は当事者の問題であって、特別に第三者効と言うものを考慮する必要がある場合に適用されると考えるのでしょうね。
ありがとうございました。