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こんにちは

higuchikenjiさんの直接の引用元がどこなのかが分かりませんが…
仮に判例データベースの判決文

http://www.courts.go.jp/app/files/hanrei_jp/189/038189_hanrei.pdf

からだったとしたら、切るべきではないところで切って引用して、拾い読みになっているようにも思います。せっかく判決文まで読んだのなら、慎重に要旨を追っていきましょうよ。（これは文章理解力や語彙の話で、数ページの判決文が丁寧に読みこなせるようになる程度の国語力≒本試験の問58-60の小手先の対策要らず、だと何となくですが思っています。）

引用の後、こう続いてるんです。

（得たとしても、）これらは訴訟の当事者である当該児童又はその保護者と当該市町村との間でのみ効力を生ずるにすぎないから，これらを受けた市町村としては当該保育所を存続させるかどうかについての実際の対応に困難を来すことにもなり，処分の取消判決や執行停止の決定に第三者効（行政事件訴訟法３２条）が認められている取消訴訟において当該条例の制定行為の適法性を争い得るとすることには合理性がある。

このあたりまで読まれれば解決するのではないですかね？

差止訴訟じゃなぜ無理か？
定義考えてみてください。定義からすれば当たり前の話です。

原則「行政庁が一定の処分又は裁決をすべきでないにかかわらず、これがなされようとしている場合」に差し止めるんです。
判例のケースは廃止条例ができちゃった後に効力を問題にして争っているわけです。差し止めの場面ではありませんね。かつ差し止め訴訟は損害の発生を避けるために他に適当な方法がない場合に限って、認められるものでもあります。

ひとまず、この程度で。

お二人ともご回答ありがとうございました。
理解できました。
なかなか聞ける人がいなくて助かりました。